报名 | 2021年复旦大学“生命科学中的大数据分析” 暑期课程班

一、背景

在精准预测、精准预警、精准医疗大背景下，随着基因分型、新一代测序、传感和图像技术的发展与成熟，产生了海量的基因组数据（包括各类常见和罕见变异、insertion/deletion、CNVs等）及转录组、表观基因组、图像、生理生化、临床信息等一系列表型组数据（包括RNA-seq、methylation-seq 和 Chip-seq等），使得生命科学大数据分析成为当前研究多基因复杂疾病易感性、复杂疾病的发生机制和疾病防治研究与药物开发的关键技术，是基因组医学自主创新的重要条件。

同时我们发现在生命科学领域，了解熟悉相关统计知识和方法的同学又比较少，为了让更多的同学了解生命科学中统计学方法在数据分析中的使用，特开此课程。本课程将着重介绍生命科学中统计学方法的使用，在集中授课期间，理论讲授配合上机操作。使用R的数据描述和分析方法：描述性统计，图形展示，估计，假设检验；重视通过亲身体验真实数据来学习统计方法和概念。许多实验例子将用于阐述这些概念。

因此举办本次暑期学校旨在满足当前的需求并为国内外基因组/表观基因组大数据分析、表型组/统计遗传学领域的专家学者、计算系统生物学家、从事复杂疾病遗传易感性研究的专业人员、生物信息科学工作者和研究生提供一个互相交流的平台，也必将推动学科发展和相关研究生的培养。此次课程面向不同学校、不同层次（本科生、硕士生和博士生）学生，关注科学领域中统计学方法及多学科间的渗透，多方面开展教学。

因此本暑期课程班的目的是：

举办一个组织良好和高品质的短期课程，探讨统计遗传学和基因组学的前沿发展和方法；
促进复旦大学和各国大学、研究所的国际合作；也为今后的项目交流和相互合作创造条件；
为研究人员/学生与国内外专家互动交流提供一个宝贵的平台；
提供文化交流和跨文化学习的独特机会。

本期暑期课程班将采取中英文授课，专门增加实例操作，并对来自海外的国际学员开放。

二、时间和地点

2021年8月19日~8月25日

上海复旦大学

三、报到和学习

报到时间：2021年8月19日

报到地点：复旦大学邯郸校区/江湾校区（视疫情校园开放情况）

上课地点：复旦大学光华楼西辅楼报告厅（四楼）

上机地点：复旦大学邯郸校区计算机中心（三楼）

四、日程安排

8月19 日 全天报到，课前辅导及交流参观

8月20 日上午：

开幕式：复旦大学研究生院/生科院领导及资深教授致辞

特邀报告（金力/卢大儒）

经典统计理论回顾1 (YAOYIN教授)

8月20 日下午：

生命科学中的机器学习1（王一副研究员）

8月20 日晚上：

上机实习 (王一副研究员)

8月21日上午：

经典统计理论回顾2 (YAOYIN教授)

8月21 日下午：

生命科学中的机器学习2（王一副研究员）

8月21 日晚上：

上机实习 (王一副研究员)

8月22日上午：

经典统计理论回顾3 (YAOYIN教授)

8月22 日下午：

二代+三代测序技术原理（姜宁副教授）

8月22 日晚上：

上机实习 (王一副研究员)

8月23日上午：

表观遗传测序数据分析（陆晨琪副教授）

8月23日下午：

DNA测序数据分析（姜宁副教授）

8月23日晚上：

上机（DNA测序数据分析练习）（姜宁副教授）

8月24日上午：

RNA测序数据分析 (陆晨琪副教授)

8月24日下午：

特邀报告：硬皮病研究及自身免疫性疾病进展（王久存教授）

特邀报告：队列研究与流病统计（王文静教授）

8月24日晚上：

上机（RNA测序数据分析练习）（陆晨琪副教授）

8月25日 学生论坛、考察，离会

五、特邀报告人

1. 金力，复旦大学副校长，中国科学院院士，复旦大学上海医学院院长。主要从事人群的遗传结构、人群的起源和迁徙、人类复杂遗传病和计算生物学等方向的研究。近年来承担了国家重大研究计划、国家重点研发计划、国家科技支撑重点项目、国家自然科学基金委重大项目、上海市市级科技重大专项及基础研究重点项目等多项研究。迄今，在Nature、Science、Cell等国际重要学术刊物发表论文660余篇，被引30,000多次。曾获国家自然科学二等奖（2次，第一完成人）、谈家桢生命科学成就奖、谈家桢生命科学创新奖、国际人类基因组组织（HUGO）卓越科学成就奖、何梁何利基金科技进步奖、教育部自然科学一等奖、上海市科技精英、以及省部级科技进步一等奖等奖励。

2. Yin Yao，教授，博士生导师。哥伦比亚大学遗传学博士，法国里昂国际癌症研究所博士后。复旦大学现代人类学研究中心特聘教授，现为复旦大学全职教授。多年来一致从事复杂疾病遗传易感性研究。先后主持和承担了多个NIH课题，具有丰富的复杂疾病遗传易感性研究关联分析工作经验。在NatureGenetics、Science、AmericanJournal of Human Genetics、Cancer Research等国际学术刊物发表论文170余篇。

3. 卢大儒，教授，博士生导师。复旦大学生命科学学院遗传学研究所教授。主要研究方向为基因组医学，人类遗传学，基因治疗。发表SCI论文百余篇，获奖30余项。兼任中国遗传学会副秘书长等职，和实验生物学报、国外医学遗传学分册和突变癌变畸变杂志编委等。

4. 王久存，教授，博士生导师。复旦大学人类遗传学与人类学系系主任，上海人类学学会副会长，上海市遗传学会秘书长；硬皮病临床与研究国际协作网（InSCAR）副理事长。研究方向主要包括硬皮病、强直性脊柱炎等风湿免疫性疾病的遗传学、表观遗传学和分子致病机理研究。先后承担国家国际科技合作专项、国家自然科学基金重点及面上、中国医学科学院创新单元、上海市级重大专项示范课题、NIH-U01（地区PI）等项目。以通讯作者在 Blood、Ann Rheum Dis、Microbiome、JID等杂志发表论文80篇。

5. 陆晨琪，副教授，硕士生导师。现为复旦大学生命科学学院生物统计学与计算生物学系副教授。主要研究方向，生物复杂网络拓扑结构研究（模块结构分析和网络演化模型），和整合高通量组学数据，研究疾病发生发展的非编码RNA、DNA甲基化和组蛋白修饰等表观遗传机制。所做工作发表在Genome Biology等国际一流杂志。

6. 姜宁，复旦大学生命科学学院计算生物学系青年副研究员，硕士研究生导师。主要研究方向为：基于微阵列芯片、二代和三代高通量测序组学大数据的信号处理，数据分析和信息挖掘的方法学和应用研究，通过整合基因组、转录组，表观基因组以及单细胞组学等多维度的组学大数据和临床表型组数据信息，围绕复杂性状表型和人类疾病表型解析其发生、发展中的遗传机制，并开发新的方法学和分析流程。自2014年起负责承担了国家自然科学基金青年项目、面上项目、卫健委、教育部专项等课题共８项，并以课题骨干参与一项国家科技部‘973’项目，两项国家十三五重大研发计划项目；已在PNAS、Leukemia、Nature Communications、NAR等国际学术专业期刊发表SCI论文20余篇。

7. 王一，青年副研究员。研究方向为人类遗传学，生物信息学，统计学，机器学习，计算机科学。发表SCI论文68篇，总共被引用8955次，H因子22。参与大量遗传易感性和群体遗传学的研究，开发了SNPTools软件，在七个国际小组的竞赛中获胜，成为项目一期的公认方法，产出了项目一期的中期数据。在统计学和机器学习方面，分别讨论了生物芯片的差异表达基因检出，两个连续变量的非线性相关性检出和通用大数据预测模型以及核模聚类。在二代测序分析和精准医学方面积累了较多的成果，包括：《小王医生》辅助诊断系统，高准度二代测序比对算法，GoldArray虚拟芯片技术，全基因组低乘数imputation技术等。在精准医疗实践方向，成功的辅助医生基因诊断了多例罕见病，获得良好社会效益。为公安部开发出法医STR亲缘搜索系统，多省公安部门已经开始实战使用。

8. 王文静，教授，主任医师，博士研究生导师，美国Vanderbilt大学In-gram医学中心博士后；曾获国家杰出青年基金、上海领军人才、上海市优秀学科带头人、上海市科技启明星、启明星后。现任复旦大学教授、上海交通大学兼职教授，上海市遗传学会遗传与分子诊断专委会副主任委员。主要从事分子流行病学技术在慢性病、肿瘤预防和控制中的应用工作。曾先后主持国家“973”项目、国家“十一五”重大传染病防治”科技重大专项、国家自然科学基金等。已在《Genetics》、《PLoS Genet》、《Cell Research》、《Hum Mol Genet》等国内外核心学术期刊上共发表学术论文或论著121篇，曾获国家科技进步三等奖、中华预防医学会科学技术奖三等奖、上海市卫生系统“银蛇奖”、上海市科技进步奖一等奖等多项奖项。

六、联系方式

联系人：蔡响王玲娥钱吉

通讯地址：上海市淞沪路2005号复旦大学江湾校区生命科学学院大楼A601，200438

电话：蔡响13022189113 钱吉13918022845

传真：021-31246607

E-mail: xiangc1668@163.com jiqian05@gmail.com

七、举办单位

主办单位：复旦大学、上海市遗传学会

承办单位：复旦大学生命科学学院生物统计学与计算生物学系、复旦大学现代人类学教育部重点实验室、基因技术教育部工程中心、复旦大学生命科学学院人类遗传学与人类学系

合作媒体：医传网、生物医药医疗

八、注册和费用

1.注册费用

2021年7月31日前（优惠报名）：

学生：1500元/人

其他人员：1800元/人

2021年7月31日后：

学生：1800元/人

其他人员：2000元/人

2.注册费用说明：注册费包含资料费、部分餐费。学员交通费、住宿费回原单位报销。

3.报名方式

2021年8月10日之前，点击下图进入报名，

名额有限（共120人），请尽早报名。

4.注册费汇寄

银行转账或汇款方式：

户名：复旦大学

开户银行：中国农行翔殷路支行营业部

帐号：033267－08017003441

用途：论坛会议费

注：转账或汇款时，敬请注明：“姓名-单位-生命科学中的大数据分析2021暑期学校”

复旦大学生科院生物统计学与计算生物学系

复旦大学现代人类学教育部重点实验室

复旦大学基因技术教育部工程中心

上海市遗传学会

2021年6月