复旦大学现代人类学教育部重点实验室以复旦大学人类群体遗传学和多基因疾病实验室（1997年成立）为基础于2005年12月开始建立，2008年获批为重点实验室。实验室依托人类学和遗传学，是目前我国唯一从事人类学跨领域研究的教育部重点实验室。在2010年9月进行的五年一度的教育部重点实验室评估中，重点实验室在全国59个生命科学领域教育部重点实验室中名列前茅，被评为优秀类实验室。2012年被认定为“国家国际科技合作基地”（国合基地）和高等学校学科创新引智计划（111计划）“人类遗传引智基地”。
实验室按照学科发展方向和国家重大需求，以人群的多样性为切入点，针对“人类多样性如何形成与进化”这一科学问题，揭示人群间和个体间的体质、生理、病理等差异及其形成机制，为疾病的发生和预防提供线索，为解决相关人文科学问题提供方法，将实验室建设成为人类学原创理论发源地、杰出创新人才培养基地和国际知名学术高地。
实验室将生命科学与数理科学、医学科学和人文科学进行深度的交叉，基础研究与应用进行紧密的结合。在现代人群遗传结构、人类分子进化、体质人类学、古代人类DNA研究、分子流行病学、计算生物学、语言学、民族学和考古学等方向开展多领域交叉研究。
实验室长期承担着国家重要的科研项目及国际合作项目，在国际上发起或参与了影响巨大的基因地理组计划、泛亚SNP计划、HapMap计划、RECO计划、MAQC联盟和InSCAR等多项国际高端合作项目，在国内主持和参与了国家重大专项、973计划、863计划、国家自然科学基金重大项目、国家科技支撑项目、基础性工作专项、卫生部公益性行业科研专项等国家重大科研任务及国际合作项目。建立了覆盖全国和东亚大部分地区的现代人群DNA（20万份）和古代遗骸DNA（3000份）资源库及数据库；建立了20万人的大型队列，突破人群研究的瓶颈；研发新一代个体鉴定标记，为多地公安系统建立罪犯数据库（71万份检材）。在人类群体遗传学、医学遗传学、分子流行病学、计算生物学等研究领域达到了国际前沿水平，取得了一系列重要的研究成果。其中包括：揭示东亚人群多样性的形成机制，发现古人类与现代人群的基因渐渗，阐明拷贝数变异的发生机理和出生缺陷的分子机制，解析人类表型特征的遗传学基础，探究重要家族的历史源流和语言的起源。在国际基因地理人类迁徙研究计划中，本实验室是该项目全球十个中心实验室之一（东亚－东南亚中心）。
实验室拥有教授/研究员37人；副教授/副研究员18人。形成了以青年骨干为主体、具有很强创新能力的研究团队。团队文理结合，融合了复旦大学人类学、遗传学和历史地理学的三大特色优势学科，整体性强。研究特色体现在：一、生命科学与数理科学、医学科学和人文科学深度交叉；二、基础研究与应用紧密结合。在实验室研究平台上，建立了国际领先水平的实验平台，在此基础上产生了一大批国际上有重大影响的研究成果。实验室现已成为国际生物人类学研究的重镇之一，在我国的人类学领域也处于领头地位，是我国生物人类学研究和高层次专业人才培养的最重要的基地。经教育部批准设立了我国首个人类生物学博士点，在人类生物学、遗传学、生物信息学三个方
实验室自成立以来已在NJEM、Science、Nature、Cell、JAMA、JCI、AJHG、PNAS等国际著名专业期刊上连续发表了一系列高质量的论文，Science、Nature、Current Biology等都多次配发专题评论，国际学术界影响巨大。已获得国家自然科学二等奖在内的国家和省部级科技进步奖17项、百篇优秀博士论文4次、提名奖3次、挑战杯最高奖4次，并为国内培养进修教师和客座人员百余人。